首先将自洁消毒器的循环水缸置于水箱的中下部，以保证水箱的水循环均匀。当水位达到液位计设定的高水位时，电控柜开始启动高压电源和潜水泵所产生的强氧化气体经管路，至曝气部分；对水进行曝气消毒，同时，潜水泵将经过消毒的水送回水箱，使停滞的水循环起来，如此循环下去，对水*的消毒，保证了水的质量。本产品出厂前，已将时间设定好，用户无需再设定。
水箱自洁消毒器原理:
它的工作原理是氧气（或空气）通过高频高压电场，使氧转化为臭氧，并及时与水混合，利用臭氧的强氧化作用，杀灭水中的细菌。杀灭细菌效果浓度，可以通过改变进水压力、气量、电流等调节来达到。
由于臭氧在水中的氧化还原电位为 2.07v，比氯（1.36v）高，所以在臭氧量仅为氯的万分之一时，灭菌效果比氯及其它药剂快600-3000倍，数秒内可杀死细菌。